1988年11月，四个合作伙伴国签署了机身和发动机研制阶段合同，准备制造包括两架双座型在内的9架原型机。1990年和1992年又分别签订了雷达和自卫系统的研制合同。但随着冷战在1990年结束，欧洲战斗机项目也陷入危机，到1992年，德国正面临统一的巨大代价，参加这种复杂昂贵战斗机的研制似乎变得不太必要，一度要退出项目。一旦德国退出，意大利和西班牙也会跟进。德国政府在评估了麦道“大黄蜂”等其他战斗机后，觉得退出项目并不是一个好主意，因为德国此时已经投入了50亿英镑，一旦退出就什么回报都没有了。4个伙伴国在1996年达成协议，研制一种成本略低新EFA（NEFA）并命名为欧洲战斗机2000。每个国家都将有自己的最终组装和试飞中心。
1986年，欧洲战斗机公司在范保罗航展上展出的欧洲战斗机全尺寸模型
受益于“美洲虎”ACT和EAP的成功验证，欧洲战斗机2000被定义为一种极其敏捷的超音速双发单座战斗机，能够进行超级巡航（即在不开加力的情况下超音速飞行）。该机的机身很轻，只有15%的材料是金属。欧洲战斗机2000为视距内和超视距的空优任务进行了优化，还具有全面的空地攻击能力。
1990年5月，GEC-Marconi公司获得了ECR90雷达的研制合同。原型雷达在1993年1月开始安装在一架BAC 111 475ZE433机鼻中进行测试，随后这种“捕手”雷达将安装在到DA3和DA4原型机上进行测试。
“台风”战斗机的雷达测试机
“捕手”雷达
1996年8月，英国国家审计署宣布欧洲战斗机2000项目的英国总成本是154亿英镑，250架飞机的单机生产成本达3800万英镑。1998年1月各方达成的最终生产合同涵盖620架飞机外加80架意向。德国把原定250架飞机的订单削减到140架，但后来又增加到180架。德国减少的工作份额经过重新评估后分配如下：BAe37%（232架飞机）、MBB 30%（180架）、Aeritalia 20%（121架）、西班牙Casa 13%（87架）（BAe现在成为BAE系统公司，Aeritalia现在是Leonardo公司，MBB和CASA现在被并入空中客车防务与空间公司）。
所有这一切都对欧洲战斗机的研制进度产生了不利影响，导致该机直到2003年才开始服役。德国对于欧洲战斗机“台风”这个绰号也颇具微词，因为这很容易让人联想起二战著名战斗机霍克“台风”，实在太英国了，所以德国空军在官方文件中只称欧洲战斗机而不是“台风”。
BAe在“台风”的生产中占据了最大份额，其萨默斯伯里工厂负责生产鸭翼、脊背、包括座舱在内的前机身、垂尾、内置襟副翼、后机身第1段、翼身连接悬臂。最终组装线放在沃顿工厂的302车间，这里之前是“狂风”战斗机的总装线。英国“台风”的试飞也以沃顿为中心。BAe还负责航电集成、显示和控制系统、电磁兼容性、综合监控和记录系统、防雷、电气和燃料系统、防御性辅助设备、逃生和生命支持系统以及直接语音输入控制的设计。所以说“台风”是一种英国战斗机并不为过。
欧洲战斗机的发展脉络
“台风”原型机
欧洲战斗机公司共制造了7架原型机，编号DA1-DA7，每架都有自己专门的试飞任务。除西班牙只有一架原型机外，其他国家都是两架原型机。其中两架原型机——DA4和DA6是双座型。显然七架原型机并不足以完成试飞任务，所以五架第一批（Tranche1）生产型飞机IPA1-IPA5也装上了测试仪器，之后又在试飞中投入了三架Tranche 2生产型飞机IPA6-IPA8，以及用于服役测试的五架Tranche2生产型飞机ISPA1-ISPA5。前后一共投入20架试飞用机。
头两架原型机相隔两周首飞。DA1 98+29于1994年3月27日在MBB的曼兴工厂首飞，试飞是彼得·韦格。4月6日，克里斯·约驾驶DA2ZH588在沃顿首飞。根据计划，DA1在曼兴试飞20架次后就飞到沃顿继续试飞，并改为ZH586的英国序列号。但在德国的反对下，DA1被留在了德国。
第一架欧洲战斗机原型机DA1首飞，注意安装的是RB.199发动机
头两架原型机都没有安装雷达和EJ200发动机，而是“狂风”战斗机的两台RB199。后续出厂的原型机都装上了EJ200，DA1和DA2也分别在1996年和1998年改装了EJ200。DA1在1996年5月的柏林国际航展上首次公开展出，同年晚些时候，DA2参加了范保罗航展。2000年6月，DA2ZH588改成全黑色涂装，机身右侧安装了490个压力传感器来测量大过载机动对碳纤维结构的影响。2006年，该机参加了非对称外挂物操纵测试，装上了抗尾旋伞以防万一。
全身黑色的DA2原型机
1995年6月，意大利的DA3成为第一架装备EJ200发动机的原型机，但该机仍然没有雷达。DA3的主要任务是辅助发动机研发，另一个任务是测试毛瑟BK27机炮。除英国皇家空军对“台风”是否装备机炮举棋不定外，其他国家都准备安装机炮。为了省钱，皇家空军甚至接受了只在其第一批（Tranche1）“台风”上安装机炮，在Tranche2、3批飞机上只装配重不装机炮的想法。但后来“台风”在阿富汗和伊拉克的作战经验表明机炮还是非常有用的，于是皇家空军的所有“台风”都装上了机炮。
接下来出现的是西班牙的唯一一架原型机DA6，这是一架双座机，于1996年8月首飞。该机被用于扩展飞行包线和帮助头盔瞄准具的研发，但在2002年11月双发熄火后坠毁。当时DA6正在进行发动机重启测试，一台发动机在12200米高度熄火后，机组在9150米高度尝试重启时另一台发动机也熄火了。由于该机是一架原型机，没有安装能够提供紧急电力和液压的冲压空气涡轮。这架静不稳定的飞机于是就失去了控制，机组人员只能弹射逃生。
DA6，西班牙双座原型机 剩下三架原型机在1997年初的七个星期内迅速接连首飞，其中最后一架是3月中旬首飞的ZH590双座机。
“台风”的进化
四国集团的第一批（Tranche 1）“台风”生产了148架，于2008年4月完工。Tranche1分为两个批量（batch），分别包含三个批次（Block）（Block1、1B和1C）和四个批次（Block2、2b、5和5A），每个批次逐渐引入更好的软件标准。最终所有Tranche1飞机都被升级到Block 5标准，具有9g全面机动性能和全部空地武器能力。
“台风”常被错误地视为是一种冷战时期的战斗轰炸机，但其实该机是一种多任务战斗机，把空空和空地任务放在同等重要的地位，并能在同一架次飞行中无缝切换这两种任务，飞行员只需轻轻扳动一个开关就行了。英国空军始终把欧洲战机视为是“美洲虎”战斗轰炸机及“狂风”和“鬼怪”防空战斗机的后继机。
这是一张难得的照片，所有国家的“台风”齐聚，从近到远分别是德、意、西、英、奥、沙
2008年底，Tranche2“台风”开始交付合作伙伴国家。这批飞机加强了起落架和机身，可挂载更加重型的武器。前机身的设计也进行了修改，以方便未来升级雷达、传感器和新的任务计算机，为操作更复杂的武器提供所需的处理能力和内存。
继原型机之后，Tranche1飞机的头五架被当成仪表生产型飞机（IPA）大量参与试飞计划，重点试飞内容在于雷达、空中加油和空地测试。这5架飞机的编号是IPA1-IPA5，和DA编号原型机一样，这些飞机也没有按照编号顺序首飞。头三架IPA在2002年4月扎堆首飞，意大利组装的IPA2MM.X614于4月5日在都灵-卡塞尔率先首飞，接下来是4月8日首飞的EADS组装的IPA398+03，6天后英国组装的IPA1也在沃顿首飞。IPA1在沃顿进行外挂物分离测试，IPA2负责MBDA“风暴阴影”巡航导弹的整合，于2015年成功在意大利进行了两次试射，该机还成功进行了MBDA“流星”超视距空空导弹的进一步试射。2016年，IPA2在英国赫布里底靶场完成了第6次“流星”试射，进一步扩大发射包线。
首飞的欧洲战斗机生产型IPA2，现在仍保留做测试用途
由于“台风”是一种静不稳定的飞机，所以对外挂物的外形和重量非常敏感，需要进行充分的外挂试飞。德国的IPA398+03被用于机翼外挂载荷试验。Casa的IPA4 C.16-20被用于武器系统性能和通信测试。沃顿组装的IPA5ZJ700负责操控性和跨音速试飞，并于2016年7月开始测试“捕手”-E雷达。
头3架Tranche 2“台风”也被作为IPA飞机。第一架Tranche 2飞机是德国98+07单座型IPA7，被用于Tranche2机型的认证。IPA6 ZJ938最近的任务是测试MBDA“硫磺石”空地精确打击导弹。最后一架仪表生产型飞机是2016年9月12日首飞的IPA898+08，和BAe的IPA5一道对“捕手”-E雷达进行测试。另外还有五架Tranche2“台风”加入各国空军进行了服役测试，其中两架由BAe制造，两架由Leonardo制造，Casa制造了一架，也就是说德国空军没有获得服役测试机。
“捕手”-E雷达的天线阵列可以旋转，比一般相控阵雷达的扫描角度更大