和平大理石IV项目中，直接入役的F-16涂有美国空军标准的FS 36270中灰、FS36118炮舰灰和FS36375浅幽灵灰。在90年代后半部分，这些飞机被安装上铺路便士激光目标跟踪吊舱，挂载在进气道的右侧，具备了为激光制导炸弹照射目标的能力。在以色列进行大修的时候，飞机都被刷上了以色列空军F-16标准的沙漠迷彩。
和平大理石IV交付的F-16A/B机体是美国空军的二手货，保留了原本的美国空军涂装，这些飞机由144中队使用至2005年10月，1999年后，飞机逐渐开始换上以色列的沙漠迷彩
1999年，144中队换上沙漠迷彩的F-16A雀鹰740，垂尾上144中队的图案仍然没有改变
2007年4月，陈列在海法以色列空军技术学校的F-16A雀鹰760，垂尾144中队的涂装是2003年后采用的新涂装
第五章 1990-2000连续不断的战斗和改进
90年代对于以色列空军来说即代表了紧张的训练也代表了零星的战斗，而焦点都集中在黎巴嫩真主党恐怖分子所在的区域，在伊朗的支持下担当起阿拉伯人与以色列作战的排头兵。真主党经常攻击黎巴嫩南部“安全区”内的以军部队，而且时不时的还会攻击以色列境内的平民。以色列做出的回应是多样化而又精确的，频繁地轰炸黎巴嫩境内的真主党目标，“巧合2”行动在1993年7月发起，接着是1996年4月发起的“愤怒的葡萄”行动，但这两次行动都没能给真主党造成严重伤害或者迫使其向以色列停火，然而，在这段长时间的战斗中，闪电机群扮演了关键角色，尤其是在执行夜间和精确攻击任务时。
101中队具备使用闪电II的作战能力时还在使用闪电D，而109中队在1992年2月才具备作战能力。1992年5月13日，这支中队成功地轰炸了黎巴嫩境内贾贝尔.扎菲（Jabel Tzafi）的真主党目标，这也是109中队的首次夜间空袭行动，但当时中队里还没有接收神射手吊舱。当105中队重新组建后，101中队已经完全具备了使用闪电II C/D进行作战的能力，使得这支中队具备了使用新的型号来支持使用新平台的能力。101中队也是1991年闪电II交付完毕后第一支参与作战的中队，于1992年10月21日在叙利亚SA-2地空导弹的攻击范围内借助神射手吊舱轰炸了一些真主党的目标。
1993年7月的“巧合2”行动中，所有3支具备精确轰炸能力的闪电中队都参与了大量的任务，通过神射手吊舱向真主党目标投下大量的激光制导炸弹和铁炸弹。行动发起的第一天上午10:30，一支101中队的4机编队轰炸了真主党在巴尔贝克（Ba’albeck）的指挥部，这个指挥部位于黎巴嫩境内深处靠近叙利亚的边境地带。这次轰炸是行动开始的一部分，在此期间101中队共执行了74次任务，其中48次是夜间任务。
“巧合2”行动中109中队的F-16D闪电077
在这为期7天的“巧合2”行动中，105中队出击69次，其中只有2次是战斗空中巡逻任务，剩下的全部都是对地攻击。这支中队投下的炸弹包括28枚GBU-16、15枚GBU-12、14枚Mk84铁炸弹，任务中使用了铺路便士激光目标跟踪吊舱和神射手激光目标指示吊舱。绝大多数的任务都在夜间执行，同时和101中队相互合作，使用神射手吊舱监视真主党的夜间活动并防止其向以色列北部发射火箭弹。
用500磅Mk82炸弹改装的GBU-12铺路II炸弹，相比老旧的铺路I系列，铺路II系列的4片尾部弹翼在炸弹被投放后会从后部组件内伸出，增加了炸弹在滑翔过程中的稳定性
1993年7月的战斗队于109中队来说没什么起眼的地方，因为他们中队的闪电D还不具备使用神射手吊舱的能力，结果和其它以色列空军的中队分享投放铁炸弹的任务。在此期间，109中队只执行了26次任务，其中4次昼间和夜间战斗空中巡逻任务，还有4次火箭弹发射车猎杀任务，飞机在已知或者可疑的发射地点上空飞行，一经发现就立刻轰炸。
拉马特.戴维基地的2支闪电C中队也参与了“巧合2”行动，但是和装备了双座型的闪电中队完全不一样。110中队执行了20次轰炸任务和2次战斗空中巡逻任务，117中队执行了22次轰炸任务和41次战斗空中巡逻任务，这次行动给了一些年轻和没有经验的飞行员涉足实战的一次绝好机会，而且其中大多数人是第一次参加战斗。
1993年7月过后，针对真主党游击队的行动仍然在零星的持续下去，3支装备闪电D的中队共同承担夜间轰炸的任务，剩下2支闪电C中队通常执行战斗空中巡逻任务。1993年11月16日，所有这3支装备了闪电D的中队向真主党目标发起了一次大规模空袭。1994年9月6日101中队发起的一次轰炸行动对真主党武装造成了严重的损失，中队的4架闪电IID（闪电II652、637、682、633）和113大黄蜂中队的AH-64A巨蟒（希伯来语：פתן，发音Peten）协作，在叙利亚防空部队的眼皮底下轰炸了真主党在黎巴嫩境内巴尔贝克的训练营，空袭中炸死了45名恐怖分子，另有70人受伤。
1995年，117中队展开了一次不同寻常的训练。在战时，远离他们的主要基地，飞机也在应急的跑道上紧急起降，其中一条这样的跑道就在特拉维夫至海法高速公路的北段，在阿特里特（Atlit）附近，公路的一部分经过了特殊的建造后能够适应飞机的起降。1995年5月17日夜，公路这段特殊部分的交通被关闭了并且准备迎接飞机着陆。4架117中队的闪电C从拉马特戴维基地起飞并且练习在这条公路上降落，过了一会儿，2架飞机着陆了，最后证明地勤们把维护F-16所需的设备都拿来了，但却忘了带登机梯……在地勤加油和重新检查飞机的过程中飞行员都一直呆在座舱里，在F-16短时间的停留并起飞后，公路又重新开放了。
接下来的另一次主要冲突发生在1996年4月，以色列空军针对真主党的目标发起了为期18天的“愤怒的葡萄”行动。所有闪电中队再次被召起飞作战，参与这次行动的101中队执行的任务数量在全以色列空军中是最高的，而109中队同样也扮演了关键角色，挂载了神射手吊舱后执行了170次投放激光制导炸弹的任务。
109中队的F-16D Blk30闪电055飞行在古犹太王国马萨达(Masada，由尤纳坦建于公元前2世纪)城遗址上空，背景是著名的死海，飞机下方挂载有1000磅GBU-16铺路II激光制导炸弹和AIM-9L响尾蛇
1996年4月，“愤怒的葡萄”行动中，挂载AN/AAQ-19神射手吊舱和GBU-10铺路II激光制导炸弹的闪电IID676，101中队在这次为期18天的作战期间任务数量是全以色列空军最高的
在行动发起的第一周内，105中队就执行了168次任务，在行动开始时起到了重要作用。第一次任务的目标是泰尔.卡亚尔（Tel Kayal）的后勤中心，距离巴尔贝克5千米远。在叙利亚地空导弹防区附近苛刻的天气条件要求具备作战经验的机组才能带领这样的任务，当时的中队长本尼.祖克尔（Benny Zuker）中校带领着一支双机编队，机组都是中队最具经验的。编队在凌晨03:00刚过便起飞，按照前一个晚上计划好的路径和任务模式飞行。祖克尔中校后来告诉以色列空军杂志的记者：
“我们飞行的高度相当低，仅仅是高于海平面，这样飞行可以避免被过早的发现。透过座舱，我们看到外面只是一片漆黑，在天上无法辨别下面哪里是海。如此困难的目视条件使得我们只能依赖于飞机上的仪表。”
飞机在低空穿越海岸线，然后在黎巴嫩的山区里爬升至7000英尺高度。就在编队接近目标的时候，低空的云层迫使编队将高度降得比预期的还要低。目标----两个弹药集装箱通过神射手吊舱被发现，后座的领航员通过吊舱向目标发出了一束激光。每架飞机都投下了2枚GBU-16激光制导炸弹，祖克尔中校继续道：
“我们刚扔下炸弹，猛烈的高射炮火就从四周向我们射过来，因为座舱外面漆黑一片，高射炮弹打过来并在我们周围爆炸的样子令人印象极为深刻。我们慢慢爬升，然后朝家飞去。”降落后，地勤们在其中一架飞机的发动机上发现了一些羽毛还有血，指出在任务期间有一只鸟被吸进了发动机，一次详细的检查后发现发动机风扇的涡轮叶片被撞坏了，幸好飞机安全地返回了基地。
“愤怒的葡萄”行动在本质上和“巧合2”行动很相似，只是前者更加紧张，耗时更长。比如，在1996年4月的战斗中，110中队执行了80次任务，其中72次轰炸任务，6次战斗空中巡逻任务，还有2次是在黎巴嫩城市上空显示威慑力量而制造音爆。中队所有的飞行员都参与了战斗，其中包括了预备役飞行员和应急飞行员。当时的中队长阿迪（Adi）中校说：
1996年4月，“愤怒的葡萄”行动中，101中队的F-16C挂载的是常规炸弹，比如照片中闪电II520下方的4枚2000磅Mk84炸弹a
“我们轰炸了发射火箭弹的阵地，后来还轰炸了公路。炸弹是在安全高度投放的，而且严格限制了不准攻击平民，但是如果识别目标有困难飞机就得被召回。这样的事情确实发生过，我们中队的一支四机编队全部带弹返航，因为恶劣的天气条件使得识别目标几乎是不可能的。”
尽管进行了大量轰炸行动，但真主党游击队还是不停地向以色列境内发射火箭弹，结果就是轰炸黎巴嫩境内的基础设施：在贝鲁特附近萨利姆（Salim）的一座变电站。2架110中队的闪电C和2架117中队的闪电C一起用Mk84炸弹轰炸了这座变电站，对其造成了严重的损伤。
与真主党游击队之间的战斗一支持续到2000年中，期间鲜有相对激烈的交锋。在每次激烈的交锋中，闪电中队都以夜间及精确轰炸向黎巴嫩人和真主党发出威慑信息。
1997年3架从波兰空军借来的米格-29飞抵拉蒙基地，刷上253中队的队徽并和F-16A展开模拟训练，照片中和米格-29伴飞的是雀鹰111和雀鹰135
1998年以色列空军成立50周年纪念，所有飞机的垂尾左侧都刷上了特殊的纪念图案
以色列空军成立50周年纪念图案
1998年2月22日，110中队在闪电C机群中首次开启了新的作战模式----全天候轰炸。此时春天还没有到来，天上100%的云层密布着，2架110中队的飞机各携带2枚Mk84炸弹起飞并在云层上方投弹，将目标完全炸毁。
2000年2月7日，在真主党不断攻击以军的观察哨后决定再度打击黎巴嫩的基础设施。行动被命名为“坚定的火炬”，所有的3支闪电D中队都参与了作战，炸毁了3座变电站。其中一支深入黎巴嫩境内的四机编队炸毁了2座分别位于贝鲁特和的黎波里（Tripoli）附近的变电站，任务是在一片漆黑的南黎巴嫩天空中完成的。
2000年初编队飞行中119中队的闪电C，怪蛇4在使用时只挂载翼下的2号和8号挂点，而3号和7号挂点通常用来挂载对地攻击弹药，1号和9号挂点用来挂载AIM-9L响尾蛇
90年代所获得的这些作战经验导致了以色列空军和盟军之间所有训练被取消，为了急于从这些“历经”战火的闪电机群中获得经验，1996年10月21日，作为以色列和土耳其之间深入军事合作的感谢，109中队被短暂地派驻至土耳其。这样的部署使得执行远程训练任务成为可能，同样还有在不熟悉的地形间导航的挑战，如此一来在国土有限的以色列几乎是不可能的事情。这样的部署还可以使得飞行员在和其它国家的空军之间训练时相互取经，因为他们装备的F-16土耳其空军也在使用，也缓解了跟随机队一起到来的地勤在适应方面的困难。
这样的联合演习势头开始后便一发不可收拾，接下美国空军也参与了部署，如同以色列空军高级军官所说的，使其变成了当地自己的“红旗”演习。这样的脚本得到了发展并和内利斯的原始版本相似，甚至把土耳其空军、以色列空军、美国空军的数量都分得很清楚，各自组成了红军和蓝军，一边扮演进攻方，另一边扮演防守方。这样的演习内容还包括了空中打击、远程低空导航、搜索和救援，同样还有防空。
2003年夏，来自以色列空军所有5支闪电中队的F-16C/D前往美国，访问了犹他州的希尔空军基地和亚利桑那州的戴维斯.蒙坦基地，最后2周，他们在内华达州的内利斯基地参与了红旗演习
面对的困难
尽管90年代对于以色列空军的闪电和雀鹰机群来说是紧张的作战和漂浮不定的年代，但在闪电II服役的头几年里还是遭遇到了相当的挫折。在1994年，全世界的F-16都面临着一个严重的危机，同时在好几个国家中使用通用F110发动机的F-16出现了问题，其中遭灾的包括了邻近的埃及空军、美国空军和以色列空军。几次由发动机引起的坠机事故发生后，导致了全球所有Blk40批次的F-16全面停飞，受到影响的还有使用相同发动机的美国海军F-14B/D机群。
F-16C/D使用的通用F110发动机
在以色列，这样的故障导致了2架闪电II的坠毁。第一起事故发生在1994年7月21日，当时101中队的飞行员吉尔（Gil）中尉正驾驶这闪电II 508和中队长拉姆.施穆埃里进行空战机动训练，发动机突然起火后部分解体。吉尔试着驾驶受损的飞机降落在哈佐尔，但是由于液压系统失效过猛地将机鼻下压（由发动机叶片互相挤压造成）迫使他在距离哈佐尔12英里处安全跳伞。第二起事故发生在1994年10月4日，在地中海上空飞行的105中队的闪电IID 621发动机突然起火，飞行员尤阿夫.雅夫尼（Yoav Yavne）少校多次试图驾驶飞机返回哈佐尔，但是距离太远，最后不得不在距离以色列海岸附近跳伞。
在以色列，闪电II的全面停飞意味着在问题被解决之前101和105中队所有的任务都要被冻结。为了保持在作战状态下，12架闪电C从拉马特戴维基地飞抵哈佐尔，这些机体分别是：闪电305、309、333、337、350、360、367、368、376、384、386、389。这12架飞机由两支中队平摊，同时，一些闪电II安装回了早期型号的F110发动机，而且这些发动机也从拉马特.戴维基地运来。在检测了坠毁机型的动力系统后发现中间的风扇叶片出现了裂纹，导致了整台发动机的失效，问题被解决后，这些被借来的闪电C又还给了拉马特.戴维基地，而闪电II又开始了例行飞行。
在1994至1995年间发现，以色列空军中的闪电I也因为剧烈飞行而出现了问题，飞机的翼粱和其它部位的骨架上出现裂缝。根据生产商所说的，这样的裂缝应该在飞机服役的晚期才会出现，这也证明了以色列空军飞行员过度使用飞机使其产生了过早的疲劳。同样的事情也发生在F-16A/B雀鹰机群中，所有的闪电I和雀鹰都更换了有裂纹的部件。
就在闪电II重新回到现役后不久又发生了一起事故，这次事故让两架飞机报销，飞行员丧命。1995年7月18日黎明，一支101中队的闪电II D四机编队在地中海上空进行夜间飞行训练。就在中空平安无事的飞行时，两架飞机（闪电II 606和660）突然在空中相撞，其中闪电II 606机组中队长容.施洛摩（Ron Shlomo）和领航员尤瓦尔.本尼亚明（Yuval Binyamin）身亡，第二支机组成功跳伞并获救，事故的原因从未被查明，之后253中队的中队长尼莫德.舍费尔（Nirmord Sheffer）中校接任101中队的中队长。
1995年117中队派驻到南部欧夫达（Ovda）基地的一支分遣队的一架飞机遭受了中度损伤，正在进行空战训练的时候，闪电356的翼尖掉了下来，这一切都发生在飞机飞过另一架飞机尾流的过程中。这次训练任务离开被取消，飞机降落，但是飞机完成修复后又回到现役中。1997年12月23日，还是117中队，这次是闪电304在完成训练返航后遭遇到的事情，起落架放不下来。在和塔台咨询了之后，决定用机腹迫降，或者确切的说是机腹副油箱。飞行员在天上烧掉一些油料，而地面上则在为飞机迫降做准备。跑道被清除并喷上了泡沫，用来降低飞机和炮弹摩擦产生的热量。飞行员的进场做得很漂亮，副油箱触地后尽可能时间长地将飞机保持水平，值得注意的是，就算这架飞机停下来了也没有倒向侧面，受损的只有机鼻空速管。第二天，这架飞机被大型起重机吊起来，运入机库仔细检查，最后发现左起落架设备的一根管脚断了，使得起落架无法放下。这架飞机很快被修好，然后回到现役中。
就快进入新千年的时候，一些事故又影响到了拉马特戴维基地的闪电机群，主要的原因还是发动机问题。1998年8月9日，110中队的预备役飞行员拉菲.魏斯曼（Rafi Weisman）起飞进行例行训练，但是飞机起飞没多久发动机就失效了，他在距离地面仅800英尺高度跳伞并受了轻伤，但这架闪电368则完全损毁。1999年3月28日，109中队的闪电031正在地中海上空进行例行训练，突然，飞机发动机冒出火焰，机组尝试重启起火的发动机未果，最终，机组跳伞并被救走。但是在2000年3月27日，闪电077的机组就没这么幸运了，当时这架飞机正在模拟低空拦截直升机，快到20:00的时候，在机组说完最后一句话10秒不到，飞机就坠毁在地中海里了，飞行员尤纳坦.贝京（Yonatan Begin）和领航员利奥尔.哈拉里（Lior Harari）身亡，看起来像是能见度太低导致机组撞海。