信号未经加密明文收发绝非无人机的唯一弱点。2011年3月,某未知软件产生故障导致一架捕食者无人机在操作人员没有发出任何指令的情况下自动启动了引擎。去年10月,Danger Room报道称,空军技术人员发现拉斯维加斯的无人机远程操作设备被某种病毒感染,技术人员在几周的持续努力下才最终完成了病毒清理工作。另外,如果通过一些手段在某些特定区域对GPS信号进行干扰,依赖GPS引导的无人机运作就会出现问题。完成GPS干扰的方法非常简单,使用市面上能够买得到又比较便宜的硬件设备即可进行操作。伊朗官方就曾宣称他们已经截获并破解了某种高级无人机的GPS控制信号。
捕食者,以及装备更为精良的收割者无人机有两种不同的机制传输视频信号并接收指令:第一种是通过卫星,由远程操控人员对无人机进行操作和引导,这种卫星通讯的数据是经过加密的,并且大体上也比较安全。第二种手段是通过名为通用数据链(Common Data Link)的无线射频信号进行,这种通讯技术可以将无人机上收集到的视频信息实时传回给美军,但捕食者无人机所使用的通用数据链载波信号不会进行自我加密,不管是无人机上的发射器,还是美军本地的接收器,他们所收发的信息都是没有经过加密的。