多灾多难的线传飞控
1989年2月2日，试飞员拉尔斯·拉德斯特罗姆驾驶39-1原型机返回林雪平时，飞机在降落中坠毁。事故原因是飞控系统俯仰控制律存在缺陷，导致降落时出现飞行员诱发振荡。拉德斯特罗姆在这次坠机中受伤，断了一只手臂，其他无大碍。萨博立即与与美国Calspan公司合作开始飞控软件的校正和修改，使用一架经过改装的NT-33A“流星”作为飞行试验台。
39-1原型机坠毁动图
斯蒂格·霍姆斯特罗姆回忆道：“这架原型机的坠毁让试飞计划往后拖延了一年，萨博被迫把第一架生产型飞机改装成仪表测试机。”
好在39-1原型机坠毁后没有起火
等恢复试飞时，许多问题已经得到了解决，人们逐渐恢复了对该机的信心。瑞典政府在1992年6月落实了1982年合同中110架意向订单，并把这批飞机定义为第二批，包括96架JAS39A单座型和14架JAS 39B双座型，后者前机身长了66厘米以增加第二个座舱，这意味取消内置机炮并减少内油，两者在其他方面相同。
第一架双座型JAS 39B
“鹰狮”项目在1993年8月8日再遭沉重打击，JAS 3939102在斯德哥尔摩水节上为公众表演，飞行员还是拉尔斯·拉德斯特罗姆。表演起初一切顺利，直到他滚转飞机开始做一个急转弯时，“鹰狮”失去了控制，倒霉的拉德斯特罗姆只能弹射逃生。39102坠毁在港口的一个小岛上，幸好错过了成千上万聚集在一起的观众。一名女士在这起坠机中胳膊被烫伤，还有几人受轻伤。
试飞员拉尔斯·拉德斯特罗姆
挂在降落伞下的拉德斯特罗姆落在同一个岛上，没有受伤，飞机则消失在熊熊烈火和浓烟中。对于许多飞机研发项目来说，接连坠毁两架飞机很可能会导致整个项目被取消。不过萨博在“鹰狮”项目上开放态度让人们普遍了解的这次事故的细节，几小时后瑞典武装部队就公开宣布了这起事故。
1993年8月8日“鹰狮”坠机现场 新闻界和公众对此都非常欢迎，感到自己受到了尊重。鉴于“鹰狮”项目对瑞典的重要性，瑞典政府在一周内进行了两次民意调查，显示大多数公众赞成完成飞机研制。公众意见也影响了决策者，“鹰狮”项目得以继续。正如斯蒂格·霍姆斯特罗姆所说的：“我们的开放态度让所有人都了解情况并对项目的可行性感到满意。”
最后的调查显示这次事故是飞控放大了飞行员大幅而猛烈的操纵输入所致。“鹰狮”在1993年12月恢复了飞行。
步入正轨
到1994年4月，萨博已经制造出五架JAS39原型机和两架生产型飞机，进入进行全面试飞和评估项目。到1996年，该机的飞控软件升级成ADA语言，大幅简化了未来升级和重新编程。
直到此时，JAS39的飞控软件问题才得到了彻底解决。斯蒂格回忆道：“（‘鹰狮’）是如此可控，如此敏捷，这架小飞机的性能令人印象深刻，气动和操纵系统协调一致，现在问题全部解决了。这是一架令人愉快的飞机，细微操纵输入也如此精确和完美，手中的迷你操纵杆让该机成为了飞行员的梦想。（‘鹰狮’）不仅易于飞行，降落也很简单容易。”
第一架JAS-39A生产型101号
“鹰狮”越来越受到飞行员的欢迎，由于JAS集团成功实现了设计目标，该机的销量得到增长。随着第二批飞机的下线，其他国家的一些空军也对购买“鹰狮”产生了兴趣。旺盛的需求同时推动了该机的升级，由于计算机技术在JAS39研制期间取得了长足进步，也就是说“鹰狮”改进型将有更强大的处理器和航电。
“鹰狮”改进型也将增加空中加油能力，在前机身左侧发动机进气口上方增加可收放加油探头。空中加油大大扩展了“鹰狮”的作战半径，同时由于飞行时间延长，原先的氧气瓶已无法满足取药，所以该机还将配备机载氧气生成系统。1998年，39-4号原型机首先装上了加油探头，在英国空中加油有限公司的操作下与英国皇家空军的一架VC-10加油机进行了空中加油测试。
JAS 39C的空中加油探头
瑞典政府在1997年6月订购了“鹰狮”改进型，定义为第三批，包括50架JAS 39C单座型和14架JAS 39D双座型，从2003年开始交付。
2007年，萨博开始把31架第二批JAS39A/B升级成C/D标准，使瑞典空军的“鹰狮”机队更加统一。2006年起，“鹰狮”还被作为六国MDBA“流星”主动雷达制导超视距空空导弹项目的测试机，在瑞典维斯德尔测试靶场进行了各种测试。
JAS 39A“流星”超视距空空导弹测试机
瑞典国防物资局在2010年9月启动“流星”导弹与“鹰狮”的全面整合项目，在2013年完成，使JAS39成为第一种装备这种先进空空导弹的战斗机。2010年，瑞典空军的JAS39C/D在一项临时升级中具备了发射IRIS-T近距红外制导空空导弹和GBU-49激光制导炸弹的能力。
挂载波音GBU-39小直径炸弹（SDB）
打击犀牛偷猎者
瑞典空军共订购了204架“鹰狮”，其中第一架在1993年6月8日交付。第一个装备“鹰狮”的一线部队是索特奈斯的第7联队，然后是卡灵厄的第17联队和律勒欧的第21联队。最后的第三批飞机在2008年11月26日交付。同样在2008年，瑞典空军所有现役“鹰狮”都装备了“眼镜蛇”头盔显示系统（HMDS）。
F7联队的JAS 39A