到7月中旬，“黑幕行动”已经确定了北越没有获得地地导弹。“牛车”任务显示出了自己的重要性，为决策者提供了关于敌人战斗序列（OOB）的重要情报和高质量轰炸破坏评估照片。
但行动也暴露出一个问题，那就是从拆除胶卷到判读员收到照片之间的耗时太长。所以美国空军驻日本横田空军基地的第67侦察技术中队进行了必要的技能培训、安全审批和设备升级，以接手冲印工作。从1967年8月18日起，第67中队能在任务完成24小时内为战区指挥官和照片判读员提供“黑幕行动”的照片。
1967年10月28日，物品131执行BX6732号任务，丹尼·沙利文在进出北越空域时发现雷达告警接收机（RHWR）显示自己被地面火控雷达持续跟踪，北越还发射了一枚SA-2导弹，这在A-12任务中还是头一遭。
SA-2地空导弹飞向A-12的情景
两天后的BX6734号任务中，沙利文驾驶物品129在北越上空的第一次东向飞越中，在海防和河内之间发现雷达告警接收机显示有两个SA-2阵地正在跟踪他，不过最后没有发射。但在第二次西向飞越时，他在同一空域遭受至少6枚导弹的攻击。
A-12飞行员丹尼·沙利文
沙利文从后视潜望镜观察到6条尾烟正快速从飞机尾后追来，先爬升到27400米的高度，然后再向他转弯。他看到其中一枚甚至接近至90-180米（在885米/秒的高速下，这是非近的距离），随后在尾后发生了三次爆炸。机载1型照相机拍下了这6枚导弹的尾烟。
沙利文从后视潜望镜观察到6条尾烟正快速从飞机尾后追来
沙利文驾机返回嘉手纳后，人们发现一小块弹片已经穿透机翼下方整流带，这是A-12和“黑鸟”系列侦察机遭遇的唯一战伤。
北越的导弹活动导致中情局局长理查德·赫尔姆斯下令暂停所有的“黑幕行动”任务，在此期间，任务规划者开始审查和重新评估行动程序和航线。
任务在一个多月后恢复并临时改变了目标，A-12首次对柬埔寨展开侦察。1967年12月8日，莫伊伏迪奇驾驶物品131执行了“黑幕行动”的BX6737号任务，两天后，杰克·莱顿驾驶同一架飞机执行了BX6738号任务。
A-12在“黑幕行动”中通过后视照相机拍摄的照片 12月15日和16日，A-12恢复对北越的侦察。为了降低暴露在SA-2导弹下的风险，任务规划者重新制定了航线，把航线从东西向改为威胁较低的南北向。
A-12在BX6739和6740两次任务中没有遭遇任何SA-2的攻击。但杰克·莱顿在1968年1月4日执行BX6842号任务时飞的是东西航线，在第二次飞越中遭到一枚SA-2的攻击。他打开“疯狂的飞蛾”和“蓝狗”电子对抗（ECM）设备，让导弹偏离自己。
“普韦布洛”号事件
1968年1月23日，美国海军辅助通用环境研究船2号（AGER-2）“普韦布洛”号在朝鲜外海的国际海域执行电子情报（ELINT）和通信情报（COMINT）侦察任务时被朝鲜海军扣押。
“普韦布洛”号侦察船
第二天，林登·约翰逊总统召集幕僚在白宫开会，批准使用“牛车”对朝鲜实施侦察。这次任务不仅需要知道被困船只的位置，而且还要知道朝鲜是否计划后续地面行动。
中情局已制定出一个飞越朝鲜的计划草案，如果需要的话就能全面实施。总共三架A-12飞机参加了“普韦布洛”拍摄行动。
就在“普韦布洛”号遭扣押24小时后的1月26日，杰克·威克斯驾驶物品131执行了BX6847号任务。这架A-12配备了“脚钉”、“疯蛾”和“蓝狗II”电子对抗设备，以及“系统IV”信号情报记录仪和1型相机。
“普韦布洛”号位于元山湾附近的一个锚点，尽管威克斯遭遇了右发进气问题，但仍成功完成了计划的三次对朝飞越。
BX6847号任务的三次对朝飞越
这次持续4小时的任务空前成功，朝鲜上空90%的空域晴朗无云，任务的解密报告指出A-12成功拍摄了84个中情局指定目标中的71个。
图像需求和开发委员会（COMIREX）也是有资格为A-12选择目标的机构，机构指定的126个目标中有81个被拍到。A-12拍到的令人感兴趣的目标还有一座地对地导弹阵地、朝鲜13座地空导弹阵地中的12座，以及752个随机目标。
报告的结论是BX6847号任务“对大部分朝鲜武装部队以及大部分运输系统和工业基地都进行了良好的基本覆盖”，这证明了A-12平台的突出能力。
BX6847号任务拍到的“普韦布洛”号
第二次任务编号为BX6853，由弗兰克·默里驾驶物品127在2月19日实施，涉及两次飞越，飞机安装了与前一次任务相同的传感器。88%的指定目标没有被云层覆盖，但不包括“普韦布洛”号。
A-12飞行员弗兰克·默里
5月6日，杰克·莱顿驾驶物品127飞向朝鲜飞去，执行第3次的BX6858号侦察任务，这将是整个A-12项目的最后一次作战飞行。
与前两次任务相比，这次任务的收获令人失望，有50%的指定目标被云雾和阴霾覆盖，莱顿在持续飞行3小时30分钟后降落在了嘉手纳。
虽然A-12获得的情报无法直接使朝鲜释放“普韦布洛”号的船员（他们直到近一年后才获得自由），但确定了朝鲜不打算在非军事区以南采取后续行动。
A-12的座舱仪表
至于“牛车”项目，由于政治上的敏感性，该机永远不会获得执行最初设计任务的机会——飞越苏联。随着中情局“日冕”胶卷返回式侦察卫星项目的成熟，“牛车”就被停止使用。不过“黑幕行动”已经证明了有人驾驶侦察机能对热点地区实施快速侦察，并能在最短时间里作出反应，但“牛车”也因此成为一种常规军事冲突中的战术侦察平台，完全背离了中情局的初衷，这完全属于美国空军的洛克希德SR-71“黑鸟”的任务范围。
事实上，预算局（BoB）高层从1965年11月起就一直在质疑同时执行A-12和SR-71两个项目的必要性。尽管中情局局长赫尔姆斯对此一直表示反对，但在持续的争吵后，国防部长克里夫·克利福德在1968年5月16日还是终止了“牛车”项目，并在5天后获得了约翰逊总统批准。
退役后被封存的A-12“牛车”