苏联空军随后禁止伊尔-76前往阿富汗，直到找出解决方案。一年半后，加装了两个APP-50干扰弹发射器的伊尔-76重返战场，一开始发射器被安装在主起落架鼓包后方，后来改为安装在后机身两侧。某些伊尔-76还配备了自动发射系统，由导弹发射告警器自动发射箔条和热焰弹，但系统的虚警率较高，不适和普遍装备。大多数伊尔-76由尾炮手监视地面，如发现由导弹发射，就手动发射干扰弹。
机身两侧安装两个APP-50发射器的伊尔-76
伊尔-76的机组们也开始在阿富汗采用全新的战术起降，凭借紧凑而陡峭的上升和下降航线来干扰便携式地空导弹的瞄准。但这种战术加大了施加在机身上的应力，导致飞机经常需要用铝板修补蒙皮。同时基地附近开始出现米-24“母鹿”武装直升机的身影，它们的任务不仅是消灭意图偷袭游击队，还被要求在导弹发射后以自身为诱饵来吸引导弹，保护运输机。此时，美国开始向游击队提供更加致命的“毒刺”导弹，给伊尔-76带来了更大的威胁。
1989年，一架伊尔-76在喀布尔机场做战术降落
保卫机场的米-24 苏联军队在1989年初开始撤离阿富汗，但苏联政府对阿富汗援助一直持续到1992年，伊尔-76继续冒着危险进出该国。1990年3月27日，一架伊尔-76MD在飞向喀布尔的途中失踪，事故原因是飞行员失误而不是敌对行动。1990年6月6日，一架满载燃料的伊尔-76MD被“毒刺”击中，飞行员成功机腹迫降，飞机完全报废。
在苏联支援阿富汗政府的最后时光，伊尔-76被用与撤出滞留的苏联人。
苏联解体后，伊尔-76在阿富汗的冒险仍未结束。1992年8月28日，一架伊尔-76MD在地面被炮火炸毁，机组人员幸存下来，登上另一架伊尔-76MD，带着被打瘪的主起落架轮胎勉强升空。值得一提的是，这架被毁的伊尔-76似乎一直厄运缠身，该机曾在1988年夏在非洲执行支援安哥拉亲苏政府的空运任务中被一枚“毒刺”击中，虽然失去了一个发动机，但安全着陆。
被塔利班摧毁的伊尔-76MD
1995年8月3日，塔利班政权的一架米格-21战斗机拦截了一架俄罗斯Airstan航空公司的伊尔-76TD，迫使其降落在坎大哈。塔利班把机上人员扣为人质，要求俄罗斯释放被扣押的塔利班成员。俄罗斯政府与塔利班进行谈判，但没有无得进展，突击解救人质的计划也被认为是不切实际而被驳回。
描绘塔利班米格-21拦截伊尔-76TD的CG
伊尔-76TD的机组展开了自救行动，他们设法说服看押自己的塔利班分子：只有让自己进入伊尔-76TD才能保持飞机的飞行状态。1996年8月16日，经过一年多的囚禁，在塔利班守卫逐渐放松警惕后，他们在一次地面试车中直接驾驶飞机滑跑起飞，机上还带着三名塔利班看守。伊尔-76TD从低空贴地飞向伊朗，吹起了地面的大片尘土。塔利班急忙派出飞机紧急拦截，但飞行员认为俄罗斯人是向北飞向俄罗斯，所以一路上没有发现任何踪迹。
被塔利班劫持的伊尔-76TD
伊尔-76也卷入了世界其他地方的冲突。1980年9月23日两伊战争刚爆发时，伊拉克的一架伊尔-76民用型正准备降落巴格达，正好遭遇入侵的伊朗F-4战斗机。伊尔-76无疑是个诱人的目标，被F-4轻松击中，坠毁在机场跑道附近。
1986年4月15日，美军对利比亚发动代号为“黄金峡谷”的轰炸行动，意图消灭利比亚独裁者卡扎菲。一架F-111击毁了阿拉伯利比亚航空公司停在地面的一架伊尔-76T，目击者说飞机残骸布满孔洞，看起来就像一个筛子。
被F-111炸毁的利比亚伊尔-76T
伊尔-76也见证了冷战后的世界，该机在20世纪90年代初曾帮助俄罗斯军队撤出东欧。在南斯拉夫危机期间，涂成白色联合国色的俄罗斯和乌克兰伊尔-76经常进出萨拉热窝执行人道主义航班。1994年12月31日，一架伊尔-76在降落时冲出跑道，遭受轻微损害。由于机场周围的狙击手活动，该机无法进行维修，只能被遗弃在萨拉热窝。伊尔-76也频繁参加非洲的人道主义运输任务。
这架伊尔-76在冲出跑道后只能被遗弃在萨拉热窝
伊尔-76有着良好的安全记录，该机发生的意外事故中人为因素占了很大比例。1995年12月12日，一架“俄罗斯勇士”飞行表演队的伊尔-76MD支援机带领表演队的苏-27从马来西亚航展返航，计划降落越南金兰湾机场。但机场的着陆系统维护不佳，再加上天气恶劣，能见度极差，导致领航的伊尔-76MD在进近中高度过低。虽然飞行员最后发现了错误并及时拉起，但还是有三架苏-27来不及反应，直接撞向机场附近的山峰。伊尔-76MD飞行员被判处6年监禁，最后鉴于他良好的服役记录被特赦。
带领5架苏-27的伊尔-76支援机 伊尔-76还涉及一起航空史上最严重的事故之一，1996年11月12日，哈萨克斯坦航空公司的一架伊尔-76TD在新德里降落时与沙特阿拉伯航空公司的一架波音747相撞，伊尔-76TD上的39人全部遇难，波音747上的312人中仅两人幸存。
在海湾战争期间，伊拉克空军飞机大规模逃亡伊朗，使伊朗获得了一小批伊拉克的伊尔-76。
拉长机身
苏联解体后，伊柳辛设计局在困难条件下继续研制伊尔-76的改进型，其中之一就是伊尔-76MF。设计局在伊尔-76研制早期就计划通过拉长机身来提高载货量了，但因没有适用发动机而作罢，D-30KP系列已经完全耗尽了进一步升级的潜力。
不过情况在20世纪80年代有了改变，索洛维约夫设计局为图波列夫Tu-204双发客机研制了全新的PS-90涡扇发动机，同样适用于改进伊尔-76。于是伊尔-76加长型概念在20世纪90年代死灰复燃，使用经过改进的PS-90A发动机。伊柳辛设计局在1992的莫斯科航展上展出了伊尔-76MF的模型，原型机很快就在1995年8月1日首飞成功，试飞员是阿纳托利·科尼索夫。
伊尔-76MF原型机
1999年在茹科夫斯基的伊尔-76MF原型机
伊尔-76MF在机翼前后都增加了一个3.3米的机身延长段，机身共加长了6.6米，两侧的紧急出口数量也从4个增加到8个。该机的PS-90A涡扇发动机单台推力16吨，不仅推力比D-30KP-2提高了约28%，耗油率还降低了15%，噪音和排放也更低。PS-90A配备了发动机罩式反推装置，而不是D-30KP系列的铲斗式反推。
伊尔-76MF与普通型机身长度的对比