RB-66C在1962年的古巴导弹危机中在古巴上空执行了侦察任务。1965年4月RB-66C首次派驻东南亚，很快几乎所有RB-66C都被部署在在东南亚进行战备值班，在越战初期承担了大多数的电子战任务。在越南的RB-66C都隶属于泰国大居里基地的第355战术战斗机联队第41和42战术电子战中队，在战争中对北越地空导弹和高炮阵地的雷达进行了定位和鉴别。和EB-66E一样，RB-66C同样没有攻击手段。
R/EB-66C的机腹还有一个鼓包
1966年RB-66C的编号变更为EB-66C，此时所有执行电子战任务的B/RB-66在编号前都加上了“E”前缀。
越战中EB-66经常伴随战斗轰炸机集群出击，实施电子干扰，压制敌方火控雷达
WB-66D
WB-66D是“毁灭者”的最后一种生产型，该机是5座气象侦察机，道格拉斯塔尔萨工厂生产了36架。
WB-66D 55-391
WB-66D与RB-66C基本相同，保留了RB-66C早期型的空中加油探杆和尾炮，飞行员、导航员、机炮手坐在机头座舱中，两名气象设备操作员坐在机腹增压气象设备舱中。所有WB-66D都安装J71-A-13发动机。
WB-66D的增压舱布置 1956年12与12日美国空军订购了26架WB-66D，合同号AF 33(600)-28368。该机在1957年6月26日首飞，1958年1月交付完毕。
1957年6月肖空军基地的第9中队首先换装WB-66D，取代了先前用于气象侦察的WB-26和T-33。此外太平洋空军的第67战术侦察联队和驻欧空军的第66战术侦察联队也装备了该机。
1960年美国太平洋空军和驻欧空军停止了气象侦察任务后，WB-66D开始退役。但是美国本土部队的WB-66D继续服役多年，最后一架在1965年7月退役。
诺斯罗普X-21A
诺斯罗普公司把两架WB-66D（55-0408和55-0410）改装成X-21A层流控制系统的测试机。这两架飞机经过重大改装，安装了全新的机翼。机翼的翼展和翼面积都有所增加，后掠角也从35度减小到30度，机翼上表面有一系列展向布置的缝隙，用于吸走湍流层来维持平滑的层流运动。诺斯罗普希望该技术能够减小飞机的阻力，提高燃油经济性并增加航程。X-21A的翼下并没有翼吊式发动机短舱，而是在后机身两侧安装了一对通用电气XJ79-GE-13涡喷发动机短舱，该发动机的推力增加到4305千克，并且从J79引出高压空气驱动翼下整流罩内的涡轮来吸除湍流层。X-21A的座舱内是一名飞行员和两名随机工程师，此外机腹还有另外两名试飞工程师。
X-21A层流控制系统测试机
X-21A总体布局，为了给新机翼让路，发动机舱移到了机尾两侧
机翼下方的短舱中有一个涡轮，由J79引出的高压空气驱动来吸除湍流层
吸除涡轮是加雷特公司研制
机翼上布满了吸除槽 X-21A的试飞证明改项目的整体概念是可行的，显著增加了飞机的航程。但是要使吸除系统有效工作就要时刻保持吸除槽不被异物堵塞，再加上复杂涡轮系统地维护问题，投入实际使用的话维护成本会非常高昂。
B-66B性能参数
乘员: 3
长度: 22.9 m
翼展: 22.1 m
高度: 7.2 m
翼面积: 72.5 m²
空重: 19,300 kg
正常起飞重量: 26,200 kg
最大起飞重量: 38,000 kg
发动机: 2 × 艾利森 J71-A-11/-13涡喷发动机，单台推力45 kN
最大速度: 1,020 km/h
作战半径: 1,500 km
转场航程: 3,970 km
实用升限: 12,000 m
爬升率: 25 m/s
翼载: 361.4 kg/m²
推重比: 0.35
武器: 雷达瞄准遥控尾炮塔中的2 × 20 mm M24机炮，弹舱内可挂载6,803.9 kg炸弹