进入21世纪以来，以色列空军发现自己越来越多地陷入了反游击作战。他们的飞机在很多时候被派去执行跟踪和“斩首”任务，如向活动在约旦河西岸和加沙地带的哈马斯、伊斯兰圣战组织和阿克萨烈士旅等的头目发射精确制导武器。2003年，一些以色列飞行员发表公开声明，反对该政策，理由是其会造成平民伤亡。以色列空军指挥高层试图尽量减少此类反对意见，但显然，以色列空军正在执行的这些任务是它所不擅长的。
以色列空军对恐怖组织进行打击 2006年夏天，由于真主党绑架了几名以色列士兵，因此以色列空军战机的身影再次出现在了黎巴嫩的天空中。以色列飞机共飞行了约12000个架次，空袭了相关的军事和民用基础设施，并对以色列国防军在地面上的推进进行了支援。作为回应，真主党对以色列城市发动了火箭弹袭击，还动用了无人机。有人批评以色列领导层说，他们让空军去执行了一项“更适合地面部队”的任务，但显然，以色列人希望尽量减少伤亡，因此才出动空中力量作为地面部队的替代。这场战争并未决定性地结束，一直在打打停停。
总结
以色列空军是在战火中锤炼出来的一支力量，这一点与以色列国的命运基本一致。它在对抗埃及和叙利亚空军等敌人的常规力量时证明了自己的战斗力。它还证明自己可以执行一些非常需要胆识的任务，如恩德培机场人质救援和远程奔袭奥西拉克核反应堆。但是，当在反游击战的环境中作战时，以色列空军在面对拥有“不对称优势”的敌人时也表现出了常规部队在此类作战中的常见缺点。尽管如此，以色列空军在中东的天空中仍然有着近乎无与伦比的战斗力，这只希伯来之鹰还将继续守卫这片“流淌着奶与蜜的土地”的天空。