综合上述隐身措施，“超级大黄蜂”雷达截面积比“经典大黄蜂”减小超过的25%（具体取决于观测角度）。
“超级大黄蜂”的最大起飞重量为29937千克，而“大黄蜂”是23541千克。
“超级大黄蜂”的武器挂架从“大黄蜂”的9个增加到11个。86.4厘米的机身延长段意味着“超级大黄蜂”能多装近1.6吨的内油。F/A-18C的最大内油是4926千克，而F/A-18E是6532千克。
F/A-18E/F的挂架呈明显的外八字，一切拜密集的机翼挂架所赐
当外挂副油箱时，F/A-18E的载油量比C型多了约3吨。双座F/A-18F的内油容量比E型少了约390千克。
根据任务剖面，增加的燃油使“超级大黄蜂”的航程和续航时间增加50%之多，该机可在距离航母200海里（370公里）的战区滞空1.8小时，比“大黄蜂”增加40%。
此外，该机能带4491千克武器返回航母，大大降低了昂贵弹药的不必要浪费。“经典大黄蜂”的带弹返回能力仅为2495千克。
两者的飞行性能接近，不过“超级大黄蜂”从航母弹射起飞时无需开加力，更大的机翼也使该机的进近速度从F/A-18C的140节（259公里/小时）降到了128节（237公里/小时）。
“超级大黄蜂”大大提高了带弹返回能力
“经典大黄蜂”最初安装两台通用电气F404-GE-402低涵道比涡扇发动机，单台最大推力7257千克（71.17千牛）。从1991年起，安装F404-GE-402增强型发动机（EPE）的F/A-18C/D开始交付，这种发动机提高了燃油效率，最大推力也增加到8028千克（78.73千牛）。后来早期型“大黄蜂”也升级了这种发动机。
F404-GE-402涡扇发动机
“超级大黄蜂”安装两台9980千克（97.86千牛）推力的通用电气F414-GE-400涡扇发动机。这种发动机是F404的发展型，但其核心机来自F412-GE-400非加力发动机。F412最初是为A-12“复仇者II”隐身攻击机研制的，引入先进战术战斗机（ATF）项目YF120涡扇发动机的一些设计特点。
F414-GE-400涡扇发动机 “大黄蜂”的D形发动机进气口在“超级大黄蜂”上也被完全重新设计，平行四边形加莱特进气口的进气流量增加了18%以满足F414发动机的需要。
武器
“经典大黄蜂”可挂载6350千克弹药或副油箱，“超级大黄蜂”的载弹量增加到了8029千克。
两种战斗机能发射的弹药种类几乎相同，包括AGM-65空地导弹、AGM-88高速反辐射导弹（HARM）、AGM-88E先进反辐射导弹（AARGM）、AIM-120先进中程空对空导弹（AMRAAM）、AGM-154联合火力圈外武器（JSOW）、GBU-31/32/38联合直接攻击弹药（JDAM）、GBU-54激光JDAM（LJDAM）、GBU-10/12/16/24/51激光制导炸弹和GBU-12F/52双模激光制导炸弹。
两种战斗机的武器挂载对比
两种型号都可以投掷Mk82/83/84通用炸弹、集束炸弹和水雷，不过“超级大黄蜂”因为机翼挂架外偏，所以无法发射70毫米“九头蛇”火箭（根本瞄不准）。两机还都可以发射AGM-84“鱼叉”反舰导弹和AGM-84K增程防空区外对地攻击导弹（SLAM-ER）。
两机的翼尖滑轨都能挂载AIM-9“响尾蛇”系列空空导弹，机鼻都内置一门20毫米M61“火神”机炮。F/A-18E/F即将装备AGM-158C远程反舰导弹（LRASM），已于2015年开始整合测试，预计2019年该弹将在“超级大黄蜂”上形成初始作战能力。
进行LRASM测试的“超级大黄蜂”
“经典大黄蜂”可挂载3个1249升副油箱，分别是中线5号挂架和翼下3号和7号挂架。“超级大黄蜂”具有五个“湿”挂架，可在6号中线挂架和3、4、8、9号翼下挂架上挂载5个1817升副油箱，也可在中线挂架挂载一个空中加油吊舱（ARP）执行伙伴加油任务。空中加油吊舱本身可载油1136升。
F/A-18F伙伴加油机
传感器
F/A-18A装备的是休斯（现雷神）AN/APG-65雷达，1994年5月问世的Lot 16批F/A-18C以及“超级大黄蜂”BlockI和早期生产型Block II安装的是性能更强的AN/APG-73雷达。
AN/APG-73雷达
部分lot 27-29批“超级大黄蜂”安装了雷神AN/APG-79有源相控阵雷达，并全面引入Lot30批的生产线。波音公司于2005年4月在圣路易斯公布了首架安装相控阵雷达的“超级大黄蜂”，雷达的固定天线阵列和电控敏捷波束能实现同时对空空和空地目标进行探测和跟踪。
相控阵雷达还大大提高了武器系统的探测距离，并具有高分辨率合成孔径雷达地形测绘和瞄准能力。130多架较早出厂的BlockII飞机后来升级了AN/APG-79，目前机队中有约85%的飞机配备了该雷达。
AN/APG-79雷达
“经典大黄蜂”最初配备了AN/AAS-38“夜鹰”前视红外瞄准吊舱（TFLIR），需要配合AN/ASQ-173激光光斑跟踪器/攻击摄像机（LST/SCAM）吊舱使用，后者最后被AN/AAR-50前视红外导航吊舱（NAVFLIR）的夜间攻击型取代。
AN/AAS-38“夜鹰”前视红外瞄准吊舱
AN/AAR-50前视红外导航吊舱（NAVFLIR）