但雅克设计局看到了RD-9发动机的改进潜力，同年又试飞了雅克-123轰炸型原型机。该机最初安装两台米库林RD-9AK加力涡喷发动机，推力与雅克-120M使用的AM-9A相同，后来升级为推力更大的RD-9F发动机，终于突破了音障。雅克-123的其他改进还有：
为投弹手设计的透明尖机鼻
机翼更薄，能飞出更高的速度
机身和发动机舱之间的内翼段前缘后掠角增大
来自雅克-125B的双轮前起落架和加长轴距
轰炸雷达
配备了一门AM-23 23毫米火炮的尾部遥控炮塔
第一架原型机雅克-123-1没有安装雷达，仅被用于验证超音速飞行性能。该机在试飞中暴露出一些问题，最严重的是薄机翼在高速飞行中会出现变形，导致副翼反向操纵，也就是说飞行员试图向一个方向滚转时，飞机却向相反方向滚转。
第二架原型机雅克-123-2是一架静力测试机身，第二架试飞原型机雅克-26-3在1956年下线，该机的RD-9F发动机军用推力27.0千牛（2750千克），加力推力37.3千牛（3800千克）。通过两架原型机的试飞，雅克设计局进一步完善了设计，如优化透明机鼻的设计，取消毫无用处的尾部炮塔，加强了机翼。最终，雅克-123获得了苏联空军的批准，制造10架雅克-26预生产型，但也就到此为止了。
第一架原型机雅克-123-1
第二架试飞原型机雅克-26-3，可以看到机翼前缘的锯齿
雅克设计局在研制雅克-123的同时也在研制该机的双座截击型雅克-121和侦察型雅克-122。防空军对雅克-121比较上心，于是该机获得了雅克-27的正式编号。雅克-27配备RD-9F发动机，具有两个子型号：分别是安装了机炮的雅克-27P（“P”代表Перехватчик（截击）”，以及配备K-8/AA-3“阿纳布”空空导弹的雅克-27K。雅克-27保留了雅克-25的单轮前起落架和短轴距设计，两架原型机都在1956年首飞，不过最后和雅克-26一样仅获得生产少量预生产型的批准。
雅克-121超音速双座截击型原型机
雅克-27K原型机
雅克-27V杜什金液体燃料火箭发动机测试机
1956年夏，雅克-26和雅克-27在图希诺航空节上飞过，北约分别取名为“手电筒-B”和“手电筒-C”。
1957-1958年间，一架雅克-27在尾部安装了杜什金液体燃料火箭发动机进行了试飞，这架被称作雅克-27V的验证机表现出了恐怖的爬升率。
再来看雅克-122，该机在1955年首飞，最终被作为雅克-27R投产。雅克-27R具有改进过的透明机鼻机翼，总产量180架。1961年该机在图希诺航空节上亮相后，获得了“红树林”的北约代号。
雅克-122原型机
雅克-122原型机保留了雅克-25的单轮前起落架和短轴距设计
正在第115飞机厂组装的雅克-27R
雅克-27R在苏联空军中一直服役到上世纪70年代
雅克-27R三面图
雅克-27R配备了RD-9F发动机和一门NR-2323毫米火炮，机身内部安装了照相机。机翼外翼段前缘前伸形成锯齿，并辅以翼刀控制展向流动。新机翼翼展加大，翼尖外伸，不过翼尖支撑轮保持原位，每侧机翼下方可挂一个钝头“拖鞋”式副油箱。“红树林”同样保留了雅克-25的单轮前起落架和短轴距。
有一架雅克-27R在安装了机轮/滑撬组合式起落架后进行了雪地起降测试。雅克-27R在苏联空军中一直服役到上世纪70年代，服役经历波澜不惊。雅克-27R看起来更像是苏联空军对雅克设计局在雅克-26/27努力上的补偿，不过这些努力即将迎来一个更大的回报。
滑撬在不使用时可以向上收起
第二代雅克双发机：“阴谋家”
RD-9F决非20世纪50年代苏联最好的涡喷发动机，事实上这种发动机开始服役时就已经被更先进的型号超越,其中之一就是米格-21使用的图曼斯基R-11-300加力涡喷发动机，其非加力版本已应用在雅克-25RV高空侦察机上，取得满意效果。雅克设计局自然而然地想把R-11-300加力版装进雅克-26的发动机舱里，于是诞生了雅克-129原型机。
图曼斯基R-11-300加力涡喷发动机
由于R-11-300发动机又粗又长，为了保证进气口的离地间隙，雅克-129原型机改成了上单翼布局
超音速“尖鼻子”的雅克-26已经为雅克-129奠定了良好的设计基础，机身只需细微修改，只是机翼的改动就有些大费周章了。由于R-11-300发动机的直径比RD-9F大，如果沿用原先的机翼设计，会导致发动机离地间隙不足。为了解决这个问题，雅克设计局不得不把雅克-26的中单翼设计改为上单翼。此外，雅克-129的机翼也经过了彻底的重新设计，能支持更高的速度.机翼弦长中线后掠45度，继承了雅克-27R的前缘锯齿和加长翼尖，后缘改用福勒襟翼，也就是说襟翼在展开时会向后伸展，这能增加翼面积，加大升力。
雅克设计局制造了3架雅克-129原型机，头两架改装自雅克-26。第一架原型机在1958年3月5日首飞，试飞员是沃尔科夫。一年后雅克-129获得雅克-28的正式编号,由于设计局在雅克-26和27项目上遭遇滑铁卢，所以总设计师亚历山大·雅科夫列夫对雅克-28也不是非常有信心。虽然原型机在试飞中表现非常出色，让雅科夫列夫稍感欣慰，但很快就暴露出一长串的问题，其中多数来自不成熟的R-11-300发动机。
福勒襟翼示意图
雅克-28的富勒襟翼结构
第二架雅克-129原型机，椭圆形进气口内的是固定激波锥
雅克-28B原型机，机腹增加了RBP-3轰炸雷达的天线罩，第一张图可以看出进气口呈明显的椭圆形
放伞降落的雅克-28B生产型 苏联空军认为这些问题多数不是雅克设计局的错，在发动机成熟起来后雅克-28的前景还是光明的，再加上当时苏联空军对超音速战术轰炸机的渴望，很快就批准雅克-28进入量产，生产型编号雅克-28B。雅克-28B在1961年的图西诺航空节上首次公开，获得了“阴谋家”的北约代号。当雅克-28其他改型陆续出现后，雅克-28B的代号也改成了“阴谋家-A”。
虽说雅克-28B是雅克-25的直系后代，但除了总体布局外，两者之间通用的东西已经不多了。雅克-28B具有全新的机翼、发动机和发动机短舱，不仅机翼具有显眼前缘锯齿，发动机舱也比雅克-25的大上许多，椭圆形进气口内有突出的进气锥。发动机舱内部安装一台图曼斯基R-11AF-30涡喷发动机，加力推力56.4千牛（5750千克）。
虽然雅克-28B的机身和尾翼看上去和雅克-25的差不多，但也存在很多变化，如具备滑动式座舱盖的单座座舱和投弹手透明尖机鼻。雅克-28B沿用了雅克-26的双轮前起落架和长轴距，机尾增加了减速伞，并能安装两个起飞用火箭助推器（RATO），为此去掉了减速板。
雅克-28B的机身右侧安装一门23毫米机炮，备弹50发。初期型雅克-28B安装的是诺德尔曼-里克特NR-23机炮，后期型改用戈里亚泽夫-斯普诺夫GSh-23Ya机炮。GSh-23Ya采用巧妙的双管式设计，一根炮管后座会带动另一根上膛，实现了3600发/分的高射速，而NR-23的射速最高只有950发/分。这种结构是德国人在二战中发明的，在战争结束前没来得及投产。
雅克-28机身侧面的GSh-23Ya机炮炮口
结构独特的GSh-23机炮
雅克-28B的正常载弹量是1.2吨，在超载情况下可挂3吨武器。所有武器都装进弹舱，弹舱带空调以满足挂载核弹的要求。雅克-28B的典型武器挂载方案是一枚1.2吨重战术核弹、或一枚3吨/1.5吨通用（GP）高爆弹、或2枚500千克通用/燃烧/集束炸弹、或8枚120千克通用炸弹。
雅克-28B的每侧机翼可挂一个1000升“拖鞋”油箱，机腹有RBP-3轰炸雷达的天线罩。RBP-3与飞机的自动驾驶仪交联，可实现自动投弹，当然也可以使用光学轰炸瞄准器手动投弹。雅克-28B的产量未知。
雅克-28L是与雅克-28B平行发展的另一种轰炸型，取消了轰炸雷达，改用DBS-2S“莲花”（Лотос，这就是编号中“L”的由来）数据链轰炸系统取而代之。“莲花”系统还包括两个机动地面站，能引导雅克-38L在任何天气下在白天或夜间实施精确轰炸。
雅克-28L还换装了R-11AF2-300涡喷发动机，加力推力增加到60.8千牛（6200千克），使用收敛-扩散尾喷管取代了R-11AF-300的双位喷管。发动机的不同导致雅克-28L的发动机舱用大型圆形进气口取代了之前椭圆形进气口以满足进气要求。该机还引入了更大容量的1050升“拖鞋”副油箱。雅克-28L的北约代号是“阴谋家-B”，产量不多，大约只有111架，这是因为“莲花”系统依赖于移动地面站，操作过于复杂，而且也容易被干扰。
R-11AF2-300涡喷发动机的收敛-扩散尾喷管
保存良好的雅克-28L。注意该机的圆形进气口，此外透明机鼻也和雅克-28B有所不同，还取消了机腹雷达罩
伊尔库茨克飞机厂繁忙的雅克-28L生产线
雅克-28L三面图
雅克-28的第三种轰炸型是雅克-28I，换装更先进的“主动-2”轰炸雷达（Инициатива-2，也就是编号中“I”的由来）。与RPB-3相比，“主动-2”雷达的探测距离更远，分辨率更好，机腹雷达罩要大一些，外形也有所变化。雅克-28I同样安装了R-11AF2-300发动机，具有和雅克-28L相同的发动机舱。该机获得了“阴谋家-C”的北约代号。
虽然“主动-2”雷达在服役初期暴露出一些磨合问题，但“阴谋家-C”还是在产量获得了丰收，达到了223架。该机的改进型雅克-28IM原型机在1969年开始试飞，翼下增加了2个挂架用于挂载火箭巢或其他武器。雅克-28IM的试飞持续了几年，自后未获得苏联空军的青睐。
雅克-28I原型机，机鼻安装了试飞用的分岔式空速管
雅克-28IM原型机，只是翼下增加了两个武器挂架雅克-28I“阴谋家-C”
翼展 11.6米
翼面积 35.25平方米
长度 20.2米
高度 4.3米
正常起飞重量 16160千克
最大速度（干净外形）1850公里/小时
升限 14500米
挂副油箱航程 2070公里
教练型与侦察型
当然，上面三种轰炸型并不是“阴谋家”家族的全体成员。雅克-28是一种超音速轰炸机，再加上操控特性不佳，导致新飞行员换装难度较大，所以需要对应的双座教练型，于是诞生了雅克-28U教练型，其中“U”代表“Учебный（训练）”。
雅克-28U原型机在1962年首飞后迅速获准投产。该机的规格接近雅克-28B，配备了R-11AF-300发动机和椭圆形进气口。由于雅克-28U不承担作战任务，所以发动机推力较小是可以接受的。雅克-28U改用不透明机鼻，取消了投弹手舱，取而代之的是一个独立的机鼻教官座舱，其铰接式座舱盖向右开启。
雅克-28U还取消了机炮和雷达，机身弹舱被用于容纳附加油箱。雅克-28U的北约代号是“大师”（Maestro），“M”前缀表示该机的分类是“其他”类。雅克-28U的总产量为183架。
雅克-28U具有一个丑陋的双座布局
放伞降落的雅克-28U教练机