除了空军，海军航空兵拥有图-22和图-22M系列飞机199架，具体分布如下：
海军航空兵总部作战训练第33中心下属作战训练导弹航空兵第540团：尼古拉耶夫，29架图-22M2，1992年1月1日归属乌克兰。
北方舰队
导弹航空兵第5师近卫导弹航空兵第924团：摩尔曼斯克州奥列涅戈尔斯克，23架图-22M3；
导弹航空兵第574团：阿尔汉格尔州拉哈塔，20架图-22M3，2002年6月1日撤消番号。
黑海舰队
独立远程侦察航空兵第30团：克里米亚州奥克特亚巴尔斯科耶，23架图-22PD，1993年撤消番号；
导弹航空兵第2师近卫导弹航空兵第5团：克里米亚州维斯约罗耶，20架图-22M3，1994年11月15日撤消番号；
导弹航空兵第943团：克里米亚州奥克特亚巴尔斯科耶，23架图-22M3，1996年8月31日撤消番号。
图-22M3飞机例行训练
太平洋舰队
导弹航空兵第25师导弹航空兵第183团：滨海边疆区符拉迪沃斯托克，20架图-22M2，1993年12月1日撤消番号；
导弹航空兵第143师导弹航空兵第568团：哈巴洛夫斯克边疆区蒙戈赫托，20架图-22M2，1架图-22MП；1996年之后换装图-22M3；
导弹航空兵第570团：哈巴罗夫斯克边疆区蒙戈赫托，20架图-22M2。1994年12月1日撤消番号。
前苏联解体使得空军战略航空兵遭到重创，超过一半的机场和飞机留在俄罗斯境外。因此1994年远程航空兵第30和第46集团军的指挥机关被解散，留在俄罗斯的兵团和部队直接隶属于远程航空兵司令部。1998年4月远程航空兵重新被改组为最高统帅部最高统帅部战略空军第37集团军。其作战编成经过优化，4个师被合并为2个师，编成8个远程轰炸航空兵团、1个空中加油机团、1个独立侦察航空兵大队等。
重组后的俄罗斯战略航空兵集中在恩格斯和乌克兰卡。1991-1994年间，俄罗斯对恩格斯空军基地进行了改造，并组建了1个战略轰炸机团（装备6架图-160和几十架图-95MS）和1个伊尔-78加油机团。乌克兰卡驻扎2个图-95MS团。此时，共拥有60多架图-95MS。
远程航空兵除了战略轰炸机外还拥有130架图-22M3，装备6个团，分别驻扎在索利奇、沙伊伊科夫、别拉亚（2个团）、沃兹德维仁卡和扎维京斯克。其余的所有飞机都被销毁和封存。
正在拆毁中的一架乌克兰图-22 1994年，俄罗斯进行裁军，导致原先属于远程航空兵的2个空军集团军和最高统帅部战略空军第37集团军都被解散，所有部队只编为5个重型轰炸航空兵师（分别驻在恩格斯、索利奇、别拉亚、乌克兰卡和沃兹德维仁卡）、北极作战集群（季克西）和第43作战使用和飞行人员训练中心（梁赞）。这个结构一直持续到了1998年。
1994年空军设有远程航空兵指挥部，共4个集团军、4个师，装备战略轰炸机158架（45架图-95B/G、27架图-95H6、62架图-95H16、11架图-95T、24架图-160）、40架图-22、170架图-22M，侦察机有30架图-22、40架加油机（20架米亚-4和20架伊尔-78）。
之后的几年，俄远程航空兵发展停滞不前，拿1997年实力来说，与3年前相比，战略轰炸机减少到了66架（28架图-95H6、32架图-95H16、6架图-160），此外还有125架图-22M3和20架伊尔-78。
再展雄姿
1998年，俄罗斯空军和防空军合并成了空军，随之存在达37年之久（1946-1980年、1994-1997年）的远程航空兵指挥部被取消，取而代之的是最高统帅部战略空军第37集团军，总部设在莫斯科，但仍保留以前的称谓-远程航空兵。
最高统帅部战略空军第37集团军编有2个重型轰炸航空兵师，每个师4个团。其中近卫重型轰炸航空兵第22师有2个战略轰炸机团（恩格斯，装备图-160和图-95MS各一个团）、2个远程轰炸机团（装备图-22M3，分别在索利齐和沙伊科夫卡）。近卫重型轰炸航空兵第326师编有2个战略轰炸机团（装备图-95MS，阿穆尔附近的乌克兰卡）和2个远程轰炸机团（装备图-22M3，分别在别拉亚和沃兹德维仁卡）。加油航空兵第203团（装备伊尔-78，驻地梁赞附近佳吉利沃）和第43作战使用和飞行人员训练中心（装备图-95MS，图-22M3和图-134UBL）。每个轰炸航空兵团3个大队（飞机6-9架），每个大队3个中队（飞机2-3架）。
飞行训练中的图-22M3
军事力量平衡年鉴2002-2003统计，俄罗斯远程航空兵共装备15架图-160（很不幸2003年9月18日坠毁1架）、63架图-95MS、125架图-22M3、20架伊尔-78和30架图-134UBL。而到了2007年则拥有78架战略轰炸机（14架图-160、64架图-95MS），此外还有60架图-22M轰炸机。
2008年，最高统帅部战略空军第37集团军有轰炸航空兵2个师4个团、独立航空兵团4个和1个飞行训练中心。装备116架图-95、15架图-160、117架图-22M、20架伊尔-78、30架图-134。拥有图-22M系列飞机的部队如下：
近卫重型轰炸航空兵第22师重型轰炸航空兵第52团：驻地沙伊科夫卡-图-22M3；
近卫重型轰炸航空兵第22师重型轰炸航空兵第840团：驻地索利奇-图-22M3；
重型轰炸航空兵第326师重型轰炸航空兵第200团驻地：别拉亚 (伊尔库茨克附近）-图-22M3；
重型轰炸航空兵第326 师重型轰炸航空兵第444团：驻地沃兹维仁卡（乌苏里斯克附近）-图- 22M3；
第43作战使用和飞行人员训练中心：驻地梁赞：拥有图-22M3和图-95MS轰炸机以及图-134UBL和安-26运输机等。
挂载KSR-5超音速反舰导弹的图-22M3
此外，俄罗斯海军航空兵装备50架图-22M3轰炸机，主要在北方舰队独立侦察航空兵第924团和太平洋舰队独立混合航空兵第568团。
2009年，俄罗斯空军改为7个司令部，分别是空天防御、远程航空兵、军事运输和4个地区空防司令部，取消了所有师、团建制，共建立了55个基地。根据俄罗斯武装力量改革计划，远程航空兵被改编为基地。航空基地取代航空团和师成为远程航空兵的核心。恩格斯近卫第6950顿巴斯红旗航空基地（该基地及以下基地均为一级基地）：2个图-160大队，2个图-95MS大队。沙伊科夫卡近卫第6951航空基地：3个图-22M3大队。乌克兰卡近卫第6952塞瓦斯托波尔-柏林红旗航空基地：4个图-95MS大队。别拉亚近卫第6953布列斯特红旗航空基地3个图-22M3大队和第181独立运输机大队、第43作战使用和飞行人员训练中心，后者驻有伊尔-78空中加油机。
图-22M3大象散步 恩格斯近卫第6950航空基地是远程航空兵的中心基地，这里驻扎着图-160和图-95MS战略轰炸机。俄罗斯国防部长、政府总理和总统在不同时期都视察过该航空基地。
2010年经过优化，以2个航空基地（近卫第6950和6952航空基地）取代了4个。
同年8月15日，重建了远程航空兵司令部。2010年俄远程航空兵司令部有飞机195架（16架图-160、116架图-22、63架图-95MS）和20架伊尔-78。
2011年，为了加强空军的图-22M3机群力量，所有海军航空兵装备的该型飞机转隶给了空军。这样，驻扎在摩尔曼斯克州奥列涅戈尔斯克和卡缅诺耶-鲁奇耶的海军航空兵的图-22M3飞机都转隶远程航空兵司令部，编入第6950和6952航空基地。
再披战袍
在1994年11月29日到1996年8月14日的第一次车臣冲突中，远程航空兵主要从恩格斯机场派出了14架图-22M3轰炸机，共出动172架次，其中攻击武装组织目标60架次、对道路/山口和地段实施布雷65架次、对目标和地面实施照明24架次、转场23架次，共飞行737小时。在攻占格罗兹尼战役开始前，12月1日前线航空兵和远程航空兵对汉卡拉、卡利诺夫斯卡亚和北格罗兹尼3个机场实施了2次轰炸突击。突击的效果较好，造成车臣武装所有飞行器都被摧毁或者击伤（笔者注：俄军统计是击毁飞机165架、击伤100余架），不过遗憾的是北格罗兹尼机场的跑道、滑行道、停机坪、机场建筑物和设施均未遭到破坏（笔者注：按照俄罗斯军方说法是为了保证这些机场还可以被俄军继续使用）。俄军的这次行动相当精彩，当时的车臣“领导人”杜达耶夫也向昔日的战友俄空军司令杰伊涅金发去了一份电报：“祝贺您获得了制空权，但我们将会在地面相见！杜达耶夫将军”。
12月24日，为了阻止外地的武装分子支援格罗兹尼，远程航空兵的图-22M3轰炸机对车臣武装盘踞的阿尔贡、古杰尔梅斯和沙利地区进行了猛烈的轰炸。这次行动，为俄军最终在1995年1月19日攻克格罗兹尼奠定了基础。
图-22M挂载普通炸弹特写
虽说这次作战行动比较成功，然而此时的俄罗斯远程航空兵由于国内政局动荡，经济持续下滑，导致军费严重不足，使得部队建设受到前所未有的负面影响。不仅装备无法得到更新，连维持现有装备和日常的训练也存在问题。由于缺乏燃油，空军飞行员基本训练时间都得不到保障，平均每年只能飞行25个小时，远低于西方国家飞行员200个小时。同时，大量有经验的飞行员迫于生计而离开部队，导致战斗力急剧下降。
第一次车臣战争后的10余年，图-22M3飞机一直没有在实战中出现过。2008年8月8日，正当北京奥运会胜利召开之时，格鲁吉亚与俄罗斯因为南奥塞梯问题爆发了武装冲突。在俄格冲突中，远程航空兵图-22M3再度披挂上阵，不幸的是重型轰炸航空兵第52团的1架图-22M3在轰炸格鲁吉亚1个步兵旅集结地返航途中在6000米高空被击落，未能再现昔日的零损失记录。
图-22M尾部机炮特写
此时格鲁吉亚空军有0.14万人，装备直升机15架（武装直升机3架）、攻击机7架、教练机9架和运输机4架。防空装备方面则有3个防空导弹营以及几十门高炮。
8月9日0点57分，俄空军轰炸了波季港和谢纳基的军事基地。9点50分，俄军遵照总统梅德韦杰夫的命令实施“强制和平行动”。一接到准备实施“强制和平行动”的命令，俄最高统帅部战略空军第37集团军各级指挥机关马上转入了战时机制。晚21时，第一批作战飞机开始起飞。10多架图-22M3对格鲁吉亚领土首批目标实施了精确的空中突击：卢斯塔维地区的武器弹药库，瓦佳尼、谢纳基和马尔聂乌利机场。在这些行动中，远程航空兵损失了1架图-22M3轰炸机。4天内完成50多架次，对科多尔峡谷敌大批部队打击效果最佳。根据统计，整个作战，远程航空兵共出动70架次，攻击了近20个目标，其中包括4座机场、1座公路桥、若干弹药库和一些人员集结地，投弹千余枚。
在与格鲁吉亚的冲突中，俄罗斯一架图-22M3被击落，未能再现昔日的零损失记录 在这场5天的冲突中，俄空军一开始就对格鲁吉亚空中和地面的空袭与防空兵器、军事基地等重点目标进行了迅速压制和摧毁，完全掌握了交战区域以及整个格鲁吉亚的全境制空权。在整个5天的作战中，俄空军共出动2500架次，对格鲁吉亚主要的空军基地、对空情报雷达站、弹药库、公路桥梁以及飞机制造厂等目标进行了空袭。俄空军的作战行动不仅有效支援了地面部队，还沉重打击了格鲁吉亚的民心士气。
雄风犹在
2000年开始，随着新总统普京的就职，俄罗斯武装力量建设发生了较大变化。图-22M系列飞机的身影也不断出现在全球各地。
2000年4月18-21日，俄空军远程战略轰炸航空兵为完成冬训任务在里海、黑海、伏尔加河中下游地区及北高加索军区的演习场举行了为期4天的大规模战术飞行演习，图-22M3也在其中。
演习中，该型轰炸机与前线航空兵的苏-27、米格-29型歼击机在A-50型预警机的指挥下，协同作战，完成了飞行任务，提高了对敌防空系统的突破能力。同时，4架图-22M3飞机也用新式导弹（笔者注：为X-101、Kh-55常规巡航导弹或KAБ-1500电视制导炸弹）轰炸了演习场的假想敌起飞降落场。
同年9月7日，俄罗斯空军的1架图-22M3，从恩格斯机场起飞，在规定时间内发射Kh-55空地巡航导弹准确命中目标。
恩格斯机场的图-22M3机群 2005年8月18日-8月25日，中俄双方开展了“和平使命-2005”演习，俄参演1800人、6架远程轰炸机，俄空军第37远程航空兵集团军的“三驾马车”——图-160、图-95、图-22远程战略轰炸机同时亮相。在俄前线航空兵苏-27SM歼击机分队的掩护下，俄远程航空兵出动图-95MS“熊”式战略轰炸机和图-22M3“逆火”式远程轰炸机用射程达3000千米的Kh-55巡航导弹攻击海上的靶标等。此外，远程航空兵的伊尔-78运输机也顺利完成了参演任务。
在2006年4月军事演习中，图-160、图-95轰炸机成功地发射了4枚导弹，图-22轰炸机则进行了轰炸科目的演练。演习共出动了53个架次，飞机共投下了200枚重型炸弹。
2006年9月2日-9月30日，俄空军司令米哈伊洛夫大将亲自指挥，组织了最高统帅部第37集团军，进行远程战略航空兵首长司令部实兵演习。演习中，远程航空兵共出动50多架图-160、图-95MS、图-22M3轰炸机在前线航空兵、歼击航空兵20多架次飞机的护送下，以及伊尔-78空中加油机和A-50雷达预警机协助下，共完成70多架次战斗飞行，横跨北冰洋、大西洋、太平洋、黑海和里海，圆满完成22次巡航导弹、战术导弹发射和航空炸弹投掷任务，充分展示出了该兵种的作战实力。
29日，参演的图-22M3远程轰炸机从俄罗斯远东地区的乌克兰卡起飞，组成密集编队，在目标地区上空投掷航空炸弹，对古里扬诺沃靶场和纳格塔伊靶场内的目标实施猛烈打击，另有数架轰炸机前往黑海和里海上空执行战斗任务。
2013年2月26与27日，该型飞机出动对附近日本1艘装备“宙斯盾”系统的“金刚”级导弹驱逐舰和一处防空导弹基地模拟发射了巡航导弹。在久俄罗斯纪念卫国战争胜利70周年的阅兵式中，这个熟悉的身影再次出现在众人面前。
目前状况
目前，图-22M系列飞机依然在俄空军远程航空兵（共114架，其中98架图-22M3）服役。
装备图-22M系列的俄罗斯远程航空兵部队有：
近卫第6950航空基地，位于萨萨拉托夫州恩格斯。
近卫6950航空基地航空集群 6951基地（位于卡卢加州基洛夫区沙伊科夫卡) ，装备48 架图-22M3轰炸机。
近卫6950航空基地航空集群7051基地（位于摩尔曼斯克州北莫尔斯克），装备4 架图-22MR侦察机和 20 架图-22M3轰炸机。
近卫第6952航空基地，位于阿穆尔州谢雷舍沃区乌克兰卡。
近卫第6952航空基地航空集群6953基地，位于伊尔库茨克州乌索尔斯基区斯列德涅（别拉亚），装备30架图-22M3轰炸机和2架图-22MR侦察机。
在叙利亚执行轰炸任务的俄罗斯图-22M3