1954年1月，另外两架B-47E（51-5219/51-5220）也被改装成“坏蛋”系统YDB-47E原型机，波音编号Model450-167-50。之后还有两架B-47E（53-2345/53-2346）被改装成为DB-47E“坏蛋”载机，该机与原型机基本一致，波音编号Model450-172-52，后来装备了佛罗里达州埃格林空军基地的第3205无人机大队。
YDB-47B以这种奇葩的方式挂载GAM-63 “坏蛋”空面导弹
飞行中的YDB-47E 51-5219
DB-47E挂载着“坏蛋”喷水加力起飞
随着“坏蛋”项目的进行，战略空军司令部越发不安了。他们认为B-47外挂大而笨重的“坏蛋”会极大地降低性能，已经严重到可以怀疑整个概念的价值。司令部还担心制导系统可能无法正常运行，他们不愿为B-47本已很复杂的电子系统再增加更复杂的设备。而且每架飞机约100万美元（当年币值）的改装成本很高，还不算大量的人员培训成本。不管怎样，美国空军还是在1955年6月决定只使用B-47作为GAM-36载机，取消了大多数DB-36改装合同。作为“坏蛋”项目的一部分，30架原本要进行“大浪淘沙”升级的B-47B现在要改装成DB-47B“坏蛋”载机，然后还准备改装大量DB-47E载机。
1955年7月，一架DB-47E成功进行了“坏蛋”试射，但此时整个项目也开始动摇了。1956年初，美国空军决定除两架DB-47E外不再继续改装其他的B-47E，1957年5月又把预定装备DB-47/GAM-63的中队从两支削减为一支。但这并没有使战略空军司令部满意，他们认为等“坏蛋”系统形成战斗力时就已经过时。不管怎样，在1957年末，第321轰炸联队的人员开始加紧“坏蛋”系统的训练。
1957年10月28日，B-47的一次“坏蛋”试射
美国空军计划佛罗里达州派恩堡空军基地的第321联队第445轰炸中队装备DB-47E/GAM-63。1957年10月30日，第一枚生产型GAM-63导弹交付派恩堡空军基地。但很快该项目就遭遇延迟，到1958年初，派恩堡还没建设好“坏蛋”系统的专用设施。
“坏蛋”导弹的测试结果也很糟糕，65次试射只有1次成功，超过半数试射因各种原因被迫取消，剩下的试射则彻底失败。
“坏蛋”导弹的测试结果也很糟糕，65次试射只有1次成功
新一代空射导弹开始研发后，“坏蛋”导弹迅速过时了。战略空军司令部终于获得了胜利，“坏蛋”项目在1958年9月9日正式被取消。11月18日，美国空军装备司令部开始受命销毁78枚“坏蛋”试验弹和58枚生产型弹。最后，波音AGM-28“猎犬”导弹项目取代了“坏蛋”。
挂在B-52翼下的AGM-28“猎犬”导弹
悲催的换发型
由于早期“同温层喷气”都严重动力不足，为了解决这一问题，美国空军提出换装4台4577千克推力的艾利森J71-A-5发动机。由于改动较大，空军赋予该项目YB-56的编号，第88架B-47B（50-092）被指定为YB-56原型机。
4发YB-47C想象图
但很快原型机的编号被改成了YB-47C，而且在研究中人们发现J71发动机并不适合安装在“同温层喷气”上，于是美国空军决定换装更新的普惠YJ57涡喷发动机。
由于YJ57发动机已被B-52项目征用一空，无法获得，YB-47C项目被迫在1952年12月取消，连原型机都没来得及改装。
艾利森J71涡喷发动机
在20世纪40年代末-50年代初，省油的涡桨发动机仍被认为是远程轰炸机的理想发动机。美国空军对制造一种高速远程涡桨轰炸机产生了很大兴趣，于是决定把两架B-47B改装成涡喷/涡桨混合动力测试机，以研究在后掠翼飞机上安装涡桨发动机的可行性。
1951年4月，波音收到了把两架B-47B（51-2103/51-2046）改装为XB-47D的合同，公司编号分别是Model450-162-48和Model450-162-49。XB-47D保留了B-47B的外侧两台J47-GE-23发动机，内侧4台发动机被改成两台寇蒂斯-莱特YT49-W-1涡桨发动机，单台功率9710轴马力。YT49是莱特J65涡喷发动机的涡桨版本，而J65又是英国阿姆斯壮-西德利“蓝宝石”涡喷的美国版。YT49被安装在翼下新设计的发动机短舱中，驱动直径4.57米的4叶螺旋桨，桨叶弦宽61厘米。XB-47D的襟翼也经过修改以适应YT49，飞机的控制系统和仪表也为4发进行了改动。
试飞中的XB-47D 51-2103
由于YT49发动机的问题导致项目出现延误，发动机也未能通过50小时运转认证。发动机-螺旋桨的匹配问题以及政府提供设备的短缺导致项目进一步延误，到1955年末原型机还没做好首飞准备。
YT49涡桨发动机
1955年8月26日，XB-47D51-2103首飞，1956年2月15日，51-2046首飞。让人惊讶的是XB-47D的性能和普通B-47差不多，由于螺旋桨具有逆桨功能，降落性能还有所改善。
让人惊讶的是XB-47D的性能和普通B-47差不多，由于螺旋桨具有逆桨功能，降落性能还有所改善 尽管此后试飞进展顺利，但美国空军已经失去了对涡桨轰炸机兴趣，没有改装更多B-47。XB-47D在试飞中飞到了961千米/时的最大速度（4115米），比图-95还快。
终于堪用的B-47E
B-47E（Model450-157-35）是“同温层喷气”的主要生产型号，也是唯一一种“同温层喷气”生产联合体三家公司同时大规模生产的型号。B-47E的总产量1341架，其中洛克希德生产了386架，道格拉斯264架，波音691架。
B-47E可被视为“同温层喷气”的真正量产型，该机根据B-47B的使用经验做了许多改进。
B-47E换装通用电气带喷水加力的J47-GE-25发动机，最大推力3266千克，许多B-47B已经改装了该发动机。B-47E早期批次保留了内置18单元火箭助推器，但很快就改为可抛弃的外置33单元助推器。B-47E从一开始就配备了阻力伞和减速伞，以及防抱死刹车。
B-47E的尾部安装了一座双20毫米炮塔，终于等来了经过旷日持久研发的A-5火控系统。A-5系统远远优于B-4，可自动探测并跟踪来袭敌机并指挥机炮瞄准射击。而B-4系统只能指挥机枪向来袭敌机的大致方向进行散布射击，命中率不高。
B-47E的尾部安装了一座双20毫米炮塔，终于等来了经过旷日持久研发的A-5火控系统