Aero在1968年开始制造原型机，最终将有11架原型机投入测试。1968年11月4日第二架原型机L-39 X-02在试飞员鲁道夫·杜尚（RudolfDuchon）的驾驶下成功在沃多乔迪首飞。
首飞中的X-02
首批5架原型机有三架被用于试飞，两架被用于地面测试，其中包括应力测试。试飞显示该机发动机进气口的尺寸和形状都存在问题，这种带有三个辅助进气门的小型进气口根本无法为发动机提供足够的空气，因此加大了尺寸并采用改用了更深的横截面形状。
因故障迫降的X-06原型机，该机已经升级了大型进气口
原型机还被用于飞机系统的研发和测试，其中之一就是用于调节座舱增压和温度的先进环境控制系统（ECS）。轻巧简单的法国微型涡轮公司（Microturbo）的“蓝宝石”（Saphir）5涡轮发动机被选为该机的辅助动力装置，使L-39无需地面设备即可启动。
X-03原型机的弹射座椅测试
随着飞机的发展和系统的成熟，捷克斯洛伐克空军的教官于1971年末开始在L-39原型机上展开培训。1972年3月28日，五架装有AI-25W发动机的预生产L-39被移交给科希策（Kosice）军事航空学校，以便制定初级和高级训练计划，确定如何最好地利用新教练机，并在军事训练任务中继续测试飞机的可靠性和可维护性。
捷克斯洛伐克空军最初计划学员先经过L-29培训后再登上L-39，但后者在整个训练任务中都表现出出色品质，完全能够在初级训练任务中取代L-29。这不仅使学员的学习更轻松，因为他们现在只有一架飞机需要熟悉，而且单一机型大幅降低的支持和维护要求还降低了培训成本。
此时L-39获得正式绰号“信天翁”（Albatros），与华约国家其他军用飞机不同，该机从来没有获得过北约代号。
Aero在1971年开始L-39的量产，但AI-25W发动机出现了许多问题，导致首批15架生产型标准飞机被推迟交付，很显然发动机对L-39来说非常重要，非常强调易于更换且易于维护。
L-39生产型三面图 AI-25的研制单位——位于苏联乌克兰的伊夫琴科-进步设计局始终关注着L-39的研发，并且已开始开发专门针对教练机的性能要求量身定制AI-25TL。1971年这种新发动机被安装到X-02和X-07原型机上开始试飞。
崭露头角
为了匹配新发动机，L-39的系统进行许多修改，从而使飞机在1972年中期成功通过了Aero和捷克斯洛伐克空军的试飞。L-39X-07原型机被派往苏联，并于1973年通过了国家试飞，证明该机完全符合苏联军事飞行员训练体系的要求。
前往苏联测试的L-39 X-07原型机
1973年9月至10月，苏联科诺托普（Konotop）基地第105航空兵学校的八名教官被派往捷克斯洛伐克科希策，与捷克斯洛伐克空军飞行员一起在预生产型L-39上受训，他们将成为科诺托普基地的L-39种子飞行员，对来自苏联各地的教官进行培训。同时12名苏联空军地勤在沃多乔迪Aero工厂接受了L-39维护培训。
首批15架生产型L-39（0101-0115）在1973年制造完毕，AL-25TL发动机也完全成熟。这批飞机在1974年1月交付科希策的第二航空兵学校，使该校进入了非常忙碌的一段时期，大多数L-039每月要飞行30个小时以上以最终确定培训课程的编制，学校教官还忙于编写培训手册并准备其他教材。
1975年第二批10架教练机（0440到0449）交付，到70年代末，L-39已经完全融入捷克斯洛伐克空军的飞行员培训体系中。1974年初该机开始交付苏联空军。
苏联空军的L-39
正是鉴于“信天翁”的先进特点，该机才被苏联空军选中，并成为华约国家空军的标准喷气式高级教练机。
L-39“信天翁”在服役中表现出了良好的可靠性和可维护性，其伊夫琴科AI-25TL双转子涡扇能在3小时内完成更换作业，机身上也设置了许多便于拆卸的检修口，平均故障间隔时间超过300小时，整机寿命达6000小时，这在当时的东方集团飞机中都是很罕见。L-39也具有优秀的飞行和操纵特性，在轻型螺旋桨飞机上受过基础训练的学员直接驾驶L-39不存在任何困难。至今已有超过2800架“信天翁”在30多个国家的空军中服役，还装备了多个国家的民间飞行表演队，如著名的法国百年灵飞行表演队。
百年灵飞行表演队的L-39
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